A obrigatoriedade de emissão de NFS-e é municipal e está presente em cerca de 300 municípios brasileiros. A NFS-e não possui padrão nacional, os municípios podem adotar o layout que se adeque as suas necessidades. Por isso é possível dizer que a resposta para a questão é que ela é variável de cidade para cidade, ao contrário da NF-e (mercantil/federal/estadual).

Em um estudo feito em cinco cidades brasileiras (São Paulo, Rio de Janeiro, Salvador, Curitiba e Campinas), a resposta foi "não", o cupom fiscal não pode substituir a NFS-e. Em algumas cidades o cupom pode ser utilizado como Recibo Provisório de Serviço (RPS), e posteriormente precisa ser convertido para uma NFS-e, conforme prazo da prefeitura. Mas vale lembrar que se trata de um estudo em cinco municípios e não de uma realidade comprovada nas cidades que já adotaram NFS-e.

Este procedimento segue a regra de outra frequente questão: "Posso emitir nota conjugada em vez de NFS-e?" Para que isto seja possível, a prefeitura deve ter um convênio com a Secretaria da Fazenda. Hoje são poucas as prefeituras que têm este acordo (menos de cinco). Nos outros municípios, a nota conjugada pode ser utilizada como RPS ou conforme instruções da prefeitura.

É importante que cada empresa pesquise em seu município quais as regras para emissão e aceite de cupons fiscais, RPS e notas conjugadas.